发心之后，须以勇猛心修习忏悔。在无尽生命中，我们积累了太多罪业，并将尽未来际影响着我们。唯有至心忏悔，才能消除这些不善业力。
　　 忏悔，首先要发露往昔以来的种种罪业，直面自身问题，生起真切改过之心。《仪轨》中“如是等一切世界诸佛世尊……”，正是对种种罪业的发露。念诵之后，忆念自己无始以来所作罪业，尤其是近来的不如法行为，于十方诸佛菩萨前生起真诚忏悔之心，并安住其中。
　　 然后是修习“七支供”。在汉传佛教中，“七支供”为大忏悔文，可帮助我们以最快速度忏除业障。在藏传佛教中，“七支供”也是积资净障的重要方式，为修习一切法门的前行。
　　 为加强忏悔效果，再念诵“七佛灭罪真言”七遍，观想无始以来所造罪业念念消溶于三宝无尽功德中。“七佛灭罪真言”出自《大方等陀罗尼经》，“七佛”乃泛指，为无量诸佛传授给众生的灭罪业真言。我们念诵真言时，通过佛菩萨的加持，当下就化解业障。以虔诚心念诵，加持力不可思议。此处的“七佛灭罪真言”与平日早晚功课中的发音略有不同。大家以往念诵的是唐译，为“离婆离婆帝，求诃求诃帝……”，但同样的文字，唐时发音与现今已有不同。皈依仪规中收录的“七佛灭罪真言”是直接从梵文翻译而来，更接近于梵音。
　　 除此而外，以清净心称念“南无布达耶！南无达玛耶！南无僧伽耶”，也有忏悔之效。因为称念三皈能得到外在的三宝加持，也能开发内在的三宝品质，仰仗内在和外在的力量，共同化解业障。